（1）不同物種，多拷貝基因難以確定基因的一?一對應(yīng)關(guān)系無法比較表達量；當(dāng)然，單拷貝同源基因可以確定一一對應(yīng)關(guān)系，但是；

（2）表達譜差異分析（例如?RPKM值比較）實際上使用的內(nèi)參是?RNA總量。相同物種RNA總量穩(wěn)定，所以沒有問題。但不同物種RNA總量未必相同，所以物種間的差異分析就失去了穩(wěn)定的內(nèi)參。因此強行比較的話，是不嚴(yán)謹(jǐn)?shù)摹?/p>