微生物產(chǎn)生的次級代謝產(chǎn)物具有多種多樣的化學(xué)結(jié)構(gòu)和生物活性，有很高的藥用以及商業(yè)價值，闡明微生物次級代謝產(chǎn)物的生物合成途徑是研究其功能作用的必要前提，隨著基因組測序研究的深入，可以對次級代謝產(chǎn)物研究更加詳細，關(guān)于微生物次級代謝分析有很多分析工具，anti-SMASH是分析結(jié)果比較全面的。

那么怎么對微生物基因組次級代謝產(chǎn)物預(yù)測呢，以真菌為例講解：

1.次級代謝產(chǎn)物預(yù)測網(wǎng)址：https://fungismash.secondarymetabolites.org ，點擊進入界面，可進行細菌、真菌以及植物次級代謝產(chǎn)物預(yù)測；

 

2.點擊真菌基因組，填寫郵箱（用于接收預(yù)測結(jié)果）以及真菌基因組組裝結(jié)果文件（fasta格式）和基因組預(yù)測結(jié)果文件（gff3格式）；

 

3.其他參數(shù)默認，點擊“submit”申請次級代謝產(chǎn)物預(yù)測結(jié)果，大約12h內(nèi)，系統(tǒng)運行結(jié)束后，預(yù)留郵件會收到預(yù)測結(jié)果；

 

4.進入預(yù)留郵箱查看預(yù)測結(jié)果，打開預(yù)測結(jié)果網(wǎng)址即可查看結(jié)果，包含基因簇序列編號，次級代謝產(chǎn)物類型，基因簇所在位置，與已知次級代謝基因簇的結(jié)果比對等；

 

5.點擊所關(guān)注的基因簇，可獲該基因簇的詳細信息，包括基因簇基因組成，核心基因的功能域組成以及與已知基因簇間共線性展示結(jié)果等；

 

6.點擊下載頁面，進行對應(yīng)結(jié)果數(shù)據(jù)下載；

 

以上是次級代謝產(chǎn)物預(yù)測過程，除此外還有兩點注意事項；

1、數(shù)據(jù)可只導(dǎo)入基因組組裝結(jié)果，那么該網(wǎng)站會進行基因預(yù)測，但預(yù)測的結(jié)果與自己預(yù)測結(jié)果可能會有差異；

2、數(shù)據(jù)需在一個月內(nèi)進行下載，過期之后數(shù)據(jù)會自動被刪除。

 

好了，次級代謝產(chǎn)物基因簇預(yù)測就是這樣簡單

你學(xué)會了嗎？

小伙伴們，下周不見不散！