細胞注釋主要有兩種方法：

1）基于參考數據庫利用軟件工具（SingleR、SCINA）進行自動化；

2）基于參考數據庫、文獻資料確定已知細胞類型的特征表達基因（marker標記）列表和相關通路進行人工注釋。細胞注釋要同時結合自動化注釋和人工注釋，這兩種方法并不是獨立割裂開來的，需要搭配使用，軟件自動化細胞注釋方法方便且系統(tǒng)化，完全依賴于參考數據集，注釋的結果有時也并不是高置信度注釋。在百邁客提供的數據庫自動注釋的基礎上，老師提供對應細胞群/亞群的marker基因列表，如T細胞：CD4、CD8，可以根據已發(fā)表的文章（物種、疾病、組織檢索）或者cell marker數據庫進行進一步的人工注釋校正，可大大提高注釋的準確度。